1 sayılı Cumhurbaşkanlığı Kararnamesinin 355 inci maddesinde yer alan Sağlık Hizmetleri Genel Müdürlüğünün görev ve yetkileri şunlardır:
a) Her türlü koruyucu, teşhis, tedavi ve rehabilite edici sağlık hizmetlerini planlamak, teknik düzenleme yapmak, standartları belirlemek ve bu hizmetler ile sunucularını sınıflandırmak, bununla ilgili iş ve işlemleri yaptırmak,
b) Organ ve doku nakli, kan ve kan ürünleri, diyaliz, üremeye yardımcı tedavi, evde sağlık, yanık, yoğun bakım gibi özellikli planlama gerektiren sağlık hizmetlerini planlamak ve bu hizmetleri sunan kurum ve kuruluşlar arasında koordinasyonu sağlamak,
c) Kamu ve özel hukuk tüzel kişileri ile gerçek kişilere ait sağlık kurum ve kuruluşlarına izin vermek ve ruhsatlandırmak, bu izin ve ruhsatları gerektiğinde süreli veya süresiz iptal etmek,
ç) Sağlık hizmetlerinin ücret tarifelerini belirlemek veya tasdik etmek,
d) Hasta hakları ile hasta ve çalışan güvenliğine yönelik düzenleme yapmak,
e) Sağlık kurum ve kuruluşlarının mevzuat ile belirlenen politika ve düzenlemelere uyumunu denetlemek, gerekli yaptırımları uygulamak,
f) Planlama ve standartlar oluşturulması için gerekli komisyonları kurmak,
g) Sağlık kurum ve kuruluşları ile hizmetten faydalananlar arasında doğabilecek ihtilafların çözümüne yönelik usûlleri belirlemek,
ğ) Geleneksel, tamamlayıcı ve alternatif tıp uygulamaları ile ilgili düzenleme yapmak ve sağlık beyanı ile yapılacak her türlü uygulamalara izin vermek ve denetlemek, düzenleme ve izinlere aykırı faaliyetleri ve tanıtımları durdurmak,
h) Sağlık hizmetlerinde kalite ve akreditasyon kuralları belirlemek ve uygulanmasını sağlamak,
ı) Sağlık turizmi uygulamalarının geliştirilmesine yönelik düzenlemeler yapmak, ilgili kurumlarla koordinasyon sağlamak,
i) İlgili mevzuat çerçevesinde kişisel verilerin korunmasına ve veri mahremiyetinin sağlanmasına yönelik düzenleme yapmak,
j) Tıpta uzmanlık eğitimi ile ilgili iş ve işlemleri yürütmek,
k) Sağlık insan gücü planlaması yapmak, sayı ve nitelik olarak ihtiyaca uygun insan gücü yetiştirilmesi için ilgili kurum ve kuruluşlarla işbirliği yapmak,
l) Mevcut sağlık insan gücünü, kamu ve özel kurum ve kuruluşlar düzeyinde planlamak ve istihdamın bu plan çerçevesinde yürütülmesini denetlemek,
m) Sağlık meslek mensuplarının uyum, hizmet içi eğitim, sertifikalı eğitim, görevde yükselme ve unvan değişikliği eğitimleri ve benzeri eğitimleri ile ilgili düzenlemeleri yapmak, koordine etmek, kredilendirme, izleme ve denetimini sağlamak,
n) İlgili kuruluşlarla işbirliği yaparak sağlık mesleklerinin standartlarını belirlemek, eğitim müfredatlarının kanıta dayalı olarak güncellenmesini ve geliştirilmesini sağlamak, sağlık meslek mensuplarının sertifikasyonu ile ilgili işleri yapmak veya yaptırmak,
o) Sağlık meslek mensuplarının tescil işlemlerini yapmak, kayıtlarını tutmak, personel hareketlerini takip etmek,
ö) Bağlı kuruluşların sağlık hizmetleri sınıfına ait personelinin ihtiyaç planlamasını yapmak,
p) Bakan tarafından verilen diğer görevleri yapmak.